Taksonomi Nomenklatur

Untuk memahami setiap kelompok organisme perlu dilakukan pengklasifikasian. Klasifikasi, tata nama, dan identifikasi adalah tiga hal yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat didefinisikan sebagai penyusunan organisme ke dalam kelompok taksonomik berdasarkan kemiripan atau hubungannya. Klasifikasi organisme prokariotik seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat melalui eksperimen seperti juga teknik observasi, karena sifat-sifat biokimia, fisiologi, genetic, dan morfologi sering kali sesuai untuk deskripsi yang akurat dari takson.

Tatanama (nomenklatur) adalah penamaan suatu organisme melalui aturan internasional menurut ciri khasnya.
Identifikasi merujuk pada penggunaan praktis skema klasifikasi:
1. Untuk mengisolasi dan membedakan organisme yang diinginkan dari organisme yang tidak diinginkan,
2. Membuktikan keaslian atau sifat-sifat khusus suatu biakan atau dalam situasi klinik,
3. Untuk mengisolasi dan mengidentifikasi organisme penyebab suatu penyakit.

Informasi yang bernilai untuk mengidentifikasi bakteri adalah secara mikroskopis dengan menetapkan beberapa kriteria identifikasi seperti:

1. Pewarnaan Bakteri
Salah satu cara untuk melihat dan mengidentifikasi bakteri adalah dengan pewarnaan. Zat warna yang digunakan adalah derivate sintetik dari aniline. Pewarnaan bakteri merupakan suatu proses fisika-kimiawi. Zat warna yang bersifat basa akan bereaksi dengan asam nukelat sel bakteri yang bermuatan negative sehingga bakteri dapat diwarnai.

2. Morfologi Koloni
Skumpulan sel bakteri pada perbenihan padat akan tampak sebagai koloni. Untuk melihat koloni bakteri, ada beberapa hal yang perlu diperhatikan adalah:
a. Ukuran diameter
b. Ada tidaknya pigmen
c. Bentuk koloni
d. Biakan pada lempeng agar

Sifat-sifat koloni yang tumbuh pada permukaan medium bisa dibedakan menjadi dua, yaitu:
a. Sifat-sifat umum koloni, seperti:
1) Besar kecilnya koloni
2) Bentuk koloni
3) Kenaikan permukaan koloni
4) Halus kasarnya permukaan koloni
5) Wajah permukaan koloni
6) Warna koloni
7) Kepekatan koloni
b. Sifat-sifat khusus koloni, seperti:
1) Sifat koloni yang tumbuh pada agar lempengan
2) Sifat koloni yang tumbuh pad agar miring
3) Sifat koloni pada tusukan dalam gelatin

3. Sifat-sifat Biokimia
Di dalam proses metabolisme ada zat-zat yang masuk atau zat-zat yang disusun dan ada pula zat-zat yang dibongkar dan kemudian dikeluarkan sisa-sisanya. Untuk mengetahui hal yang dikeluarkan oleh bakteri, maka dilakukan dengan tabung fermentasi. Tabung fermentasi adalah untuk mengetahui bahwa spesies tersebut menghasilkan gas dan asam.

4. Perlu tidaknya Oksigen
Berdasarkan kebutuhan oksigen (O2) pada lingkungannya, maka bakteri dapat diholongkan menjadi:
a. Bakteri aerob (Bakteri yang membutuhkan O2), terbagi atas:
• Aerob absolute/obligat (mutlak perlu O2)
• Mikroerofilik (sedikit O2)
b. Bakteri anaerob (bakteri yang kurang atau tidak membutuhkan O2) yang terbagi atas:
• Anaerob absolute/obligat
• Aerotoleran

5. Kebutuhan Makanan (Nutrisi)
Menurut sifat zat makanan yang diperlukan bakteri, maka bakteri dapat digolongkan menjadi:
a. Bakteri autotof, yang terdiri atas fotoautotrof dan kemoautotrof
b. Bakteri heterotrof


B. Dasar-Dasar Klasifikasi
Di dunia terdapat tidak kurang dari 500 juta macam organisme. Organisme tersebut memiliki cirri-ciri yang beraneka ragam. Begitu beragamnya organisme ini sehingga menuntut adanya suatu system untuk mengenal dan mempelajarinya. Beberapa ahli biologi mencoba menciptakan suatu system untuk mempermudah mengenal dan mempelajari organisme melalui suatu cara pengklasifikasian. Pengklasifikasian merupakan proses pengelompokan berdasarkan cirri tertentu.
Orang dapat mengadakan klasifikasi dengan menggunakan perbedaan-perbedaan atau kriteria berdasarkan manfaat, ciri morfologi dan anatomi dan atau berdasarkan fisiologi, serta cirri biokimiawi. Pada bakteri, penggolongan didasarkan atas sifat-sifat morfologi dan sebagianatas sifat-sifat fisiologi, termasuk juga sifat-sifat imunologi.
Klasifikasi bakteri yang dipakai di Eropa dan Amerika Serikat, sekarang ini banyak menggunakan sistematik yang disusun oleh Bergey. Edisi yang sekarang dari “Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology” adalah edisi kedelapan belas tahun 1994. Awal dari klasifikasi bakteri oleh D.H. Bergey mulai tahun 1923, karena pada tahun tersebut terbitlah buku “Manual of Determinative Bacteriology”. buku pedoman ini secara berangsur-angsur diperbaiki, dan pada tahun 1947, buku tersebut diterbitkan keenam kalinya dengan nama “Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology”.
Berdasarkan bentuknya yang tetap, dindingnya yang kuat, dan adanya kemampuan untuk hidup autotrof (termasuk mengadakan fotosintesis pada beberapa golongan bakteri), maka bakteri dimasukkan ke dalam golongan tumbuhan. Kongres-kongres internasional antara ilmuwan mikrobiologi membuat ketentuan bersama mengenai taksonomi bakteri dan metode penamaan (nomenklatur), untuk memberi nama suatu kelompok organisme tertentu. Penamaan bertujuan untuk :
1. membedakan antara satu kelompok dengan kelompok yang lain,
2. menyusun hubungan kekerabatan antara kelompok,
3. memudahkan dalam mengenal cirri-ciri kelompok,
4. menujukkan tingkatan takson dalam taksonomi.

Dunia tumbuhan (plantae) pada garis besarnya dibagi atas divisi, kelas (classis), bangsa (ordo), suku (famili), marga (genus), jenis (spesies). Seringkali spesies masih dibagi–bagi lagi atas varietas, sedang antara takson tersebut di atas kerapkali juga ada penyisipan sub-kelompok seperti sub-divisi, sub-kelas, sub-ordo, sub-famili, sub-genus, sub-spesies.
Sebagai contoh, kita ambil Escherichia coli yang terkenal sebagai penghuni usus tebal (kolon). klasifikasi bakteri ini adalah:

Jenjang	Contoh
Dunia (Kingdom)	Tumbuhan (Plantae)
Divisi (Divisio)	Protophyta
Kelas (Classis)	Schizomycetes
Ordo (Ordo)	Eubacteriales
Famili (Famillia)	Enterobacteriaceae
Genus (Genus)	Escherichia
Spesies (Speciess)	coli

Untuk menyebutkan nama suatu bakteri, seperti pada organisme lainnya yajni dengan menggunakan sistem “dua nama” atau binomenklatur. Artinya nama genus diikuti dengan spesies. huruf pertama dari nama genus ditulis dengan huruf besar, sedangkan nama keterangan spesiesnya ditulis dengan huruf kecil.


Untuk Download tulisan ini, klik disini.